與區內各中學比較，圓玄三中的資訊科技設施極為完善及先進，堪稱區內數一數二。校內既有嶄新的電腦器材，亦配上完備的課程。 全校有電腦約340部，平均每3位學生一部電腦，真正達到資訊科技遍佈校園。
會議室 大型會議室內設有完善的影音及電腦器材，有助與會者的討論及分享。
多媒體學習中心 獲優質教育基金撥款108萬建成，為各科應用資訊科技教學提供最佳的學習環境，更為各個電腦課程提供理想場地。
大型電腦室 提供寬敞的空間，進行電腦課程的演講及實習，更是同學課餘使用電腦的好去處。
電腦室 設施完備，為電腦科提供上課的理想環境。

電腦資訊站 在大堂接待處及一樓走廊設有電腦資訊站，全日開放，讓同學隨時進行網上學習。
圖書館 設有多部電腦、光碟資料及上網器材，同學在閱讀之餘，亦可搜尋網上的資訊。
千禧多媒體課室 所有課室均設有電腦器材、投射器、熒幕及內聯網接駁裝置。完善的教師電腦桌經已全面安裝，資訊科技教學更為方便。
電腦輔助美術室 獲優質教育基金撥款60萬建成，裝有先進的器材及設計軟件，提供平面設計、圖案設計、圖像處理及電腦設計等課程。

圖像設計科技創作室 獲優質教育基金撥款43萬建成，設有電腦立體車床及金屬打印機等先進工科器材，教授光纖及激光套件、控制及感應套件、自動化及機械臂等課程內容。
資訊科技協作實驗室 獲優質教育基金撥款45萬建成，備有無線上網電腦及作答機多部，供科學實驗及教學活動，更有利於同學進行科學性的專題研習活動。
專題研習暨通識教育資源中心 獲優質教育基金撥款30萬建成，備有無線上網電腦、彩色鐳射打印、數碼攝錄及攝影設備及大量專題研習資源供學生使用，以協助學生進行專題研習。